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Con un clima subártico (Clasificación climática de Köppen: Dfd), Yakutsk es una de las ciudades más frías de la Tierra, con una temperatura media anual de -10º C y solo cinco meses por encima de 0º C, de mayo a septiembre.
La media de enero es de -41,1º C y la de julio de 18,7º C, por lo que la oscilación anual es muy grande, 59,8º C, de las más altas del planeta. Las máximas en julio han llegado a rebasar en alguna ocasión los 30º C.
Las precipitaciones anuales son tan sólo de 235 mm. y concentradas en los meses de verano, por lo que las nevadas, pese a estar aseguradas, no son muy abundantes, lo que favorece la habitabilidad de la ciudad.