Pues he buscado en la Wikipedia y parece que ambas cosas están bien...... Así que tendremos que detallar qué opción escogemos nosotros como año hidrológico

http://es.wikipedia.org/wiki/A%C3%B1o_hidrol%C3%B3gico

Para la Junta de Andalucía, comienza en septiembre: http://www.juntadeandalucia.es/medioambiente/servtc5/precipitacionClima/lluvia.do

También se puede llamar hidrometeorológico, que es como lo hace la AEMET: documento de la RAM.

Así que creo que en España empieza en septiembre

A mi tambien me ha liado eso siempre. Por algun lado lei que en Octubre era el Hidrologico agricola o algo asi...si no recuerdo mal.

Hidrosur empieza en Octubre   

A efectos climáticos prácticos empieza en septiembre ... supongo que para abarcar enteramente el otoño climático. Pero por la lógica de su origen (agrícola), debería empezar en octubre, puesto que la idea es calcular la necesidad hídrica de los cultivos desde la época de siembra hasta la recolección. La mayoría de las cosechas (hay excepciones en función de variedades y regiones) se producen en verano e incluso septiembre (fruta, vendimia, huerta, cereales (ahora se siega el arroz por ejemplo), herbáceos, etc) ... y es a partir de octubre cuando mayormente se labran las tierras y se preparan para la siguiente siembra, o en el caso de los árboles se preparan para el letargo invernal y su poda.
Yo lo he visto de las dos maneras, pero para mi comodidad lo hago de septiembre a agosto.